Når de første beboerne kom og slo seg ned på Øya og hva de kalte øya kjener vi ikke.
Men fra eldre steinalder er det bl.a. funnet flintøkser ol. som sannsynligvis stammer fra den eldre steinalder, d.v.s. 1500 – 2000 år før Kristus. Om det på den tid var fast bosetting på Øya er ukjent.
Det er imidlertid sannsynlig at Øya var bebodd i sagatiden.
Øya var vidt kjent i eldre tider på grunn av sin sentrale og gode havner.
Første skrevne kilder om Øya er når Amund i 1415 -16 får kjøpekontrakt på Mæbø.
Det var i en fortegnelse over de brev som fantes på Akershus i 1622 er nevnt 3 brev ang. Mæbø.
Brev 1:
«Kiobebreff paa Medelby ij Thefften Otterneβ (Otherneβ) sogn, solt thill Amund och hans arffuinger, dat 27 Kong Erichs aar (1415-16.)
Brev2:
Gaffuebreff paa 5 marckeboll jord i Medelby (e) ij Otterneβ ( Otternes) sogn giffuet thill Warner closter, Anno 1487.
Brev3 :
Gaffuebreff paa itt marckeboll jord ijThepte (Thipthe ij Otterneβ ( Othernes) prestegjeld, kaldis Medelbo ( Meddelbye), giffuet thill Werne closter, anno 1488.»
Men disse brevene er forsvunnet i dag.
Men hvor Amund bodde er ikke kjent, mye tyder på at han ikke bodde på Mæbø, men det tyder på at Amund kan være av Bolt-slekten.
Viser her til en dom mellom Agmund Berdorsson Bolt og Amund Sigurdsson Bolt skrevet av lagmannen i Tønsberg, dette skjedde i Kong Eriks 27 de år (ca 1415-1416) på gården Haugen, samt flere av slektens odelsgårder i Vaaler. Bla. Texelnes, og muligens er det i samme handelen Amund får Mæbø.
Her er brukt samme stilarten som i kjøpekontrakten på Mæbø og der var heller ikke mange i Norge som kunne skrive kjøpekontrakter i År 1415.
Det var særlig etter 1450 og en tredveårsperiode fremover at gavene til Værne kloster øker kraftig i form av eiendommer. Det er særlig gaver fra fremstående adelige slekter i det nåværende Østfold og Båhuslen – men det forekommer også gaver fra Akershus og vest for fjorden. Det er særlig medlemmer av Bolt-familien som donerte mye.
Mæbø var i 1487-88 på landskylda av 6 markebol. Amunds arvinger gir i 1487 de først 5.markebol på Mæbø til Værne kloster (i Rygge) og året etter resten av Mæbø 1.markebol til Værne kloster.
Mæbø ble derfor klostergods av Værne Kloster. Brukeren av Mæbø var da leilendinger og måtte svare landskyld til Værne Kloster av jorda de brukte.
Værne kloster ligger i Rygge kommune i Østfold og var i middelalderen Norges eneste Johannitterkloster eller hospital. Værne kloster ble anlagt i 1170-årene. Johannitterordenen hadde sitt opphav i Jerusalem i korstogstiden, hvor de drev et hospital. Opprinnelig var det å pleie syke Johannitternes hovedoppgave, men deres virksomhet fikk med tiden en mer militær side.
Klosterdriften opphørte i 1532 da det og alt Kloster jordegodset ble konfiskert av kong Frederik I.
Etter reformasjonen i Danmark og Norge i 1536 ble tidligere klostergods konfiskert og innlemmet i krongodset.
Navnet Flekkerøy’a dukket først opp i skrevne kilder på 1500 tallet.
Den gangen var Flekkerøy havn, hele det romslige bassenget mellom Flekkerøya og fastlandet som var kjent blant sjøfolk som seilte på Norskekysten.
Fra 1540 var Flekkerøy den viktigste havnen for skipstrafikken mellom Nordsjøen og Østersjøen på Agdesiden.
De første befestninger i området ble anlagt i 1555 og hadde navnet «Flekkerhus festning».
Det første anlegget var en befestning i form av et blokkhus og tre andre hus som ble bygd på Gammeløya under Christian III regjerings tid.
Men Flekkerøy var ikke som andre havner på norskekysten for hollenderne. «VLECKER» som holenderene kalte stedet, står det med store bokstaver på hollandske sjøkart på 1500- og 1600-tallets.
Siden ble Møvig-landet kalt indre Flekkerø og selve «Øya» Ytre Flekkerø, Samt innløbene Vestre Flekkerøy-gabet og Østre-Flekkerøy-gabet.
Topografien rundt Flekkerøy havn med Øster og Vester-gabet med Flekkerøya er kraftig overdimensjonerte på de tidlige kartene.
Flekkerøy havn var et sted hollenderne skulle og måtte finne veien til. De hollandske skipene var pålagt å reise innom Flekkerøya, enten de nå kom fra Østersjøen eller fra andre norske havner.
Folketallet på Flekkerøya i perioden 1655 – 2023
År | 1655 | 1710 | 1750 | 1801 | 1845 | 1875 | 1891 | 1900 | 1920 | 1040 | 1970 | 1980 | 1990 |
Innb. | ca 100 | ca 150 | ca 180 | 245 | 349 | 561 | 568 | 694 | 1030 | 1080 | 1338 | 1355 | 1658 |
Pr.1.1. | 1995 | 1996 | 1997 | 1998 | 1999 | 2000 | 2001 | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 | 2006 | 2007 | 2008 | 2009 |
Innb. | 1818 | 1869 | 1973 | 2074 | 2160 | 2244 | 2303 | 2400 | 2492 | 2560 | 2632 | 2668 | 2747 | 2960 | 3024 |
Pr. 1.1. | 2010 | 2012 | 2013 | 2015 | 2019 | 2021 | 2023 |
Innb. | 3110 | 3212 | 3274 | 3420 | 3518 | 3650 | 3673 |
Flekkerøya har 6. hovedgårder.